情况是这样的，我使用tomcat5.0.28+hibernate2+mysql4，在M$的系统下没出现过任何问题，但将系统装到linux上以后（redhat9及as3），发现过一段时间后就没有办法连接上数据库，查看日志，内容如下：
ERROR http-8080-Processor22 net.sf.hibernate.util.JDBCExceptionReporter - Could not execute query
java.sql.SQLException: No operations allowed after connection closed.


Connection was closed due to the following exception:


** BEGIN NESTED EXCEPTION **


java.sql.SQLException
MESSAGE: Communication link failure: java.io.IOException, underlying cause: Unexpected end of input stream


** BEGIN NESTED EXCEPTION **


java.io.IOException
MESSAGE: Unexpected end of input stream


STACKTRACE:


java.io.IOException: Unexpected end of input stream
        at com.mysql.jdbc.MysqlIO.reuseAndReadPacket(MysqlIO.java:1405)
        at com.mysql.jdbc.MysqlIO.checkErrorPacket(MysqlIO.java:1775)
        at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sendCommand(MysqlIO.java:1020)
        at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sqlQueryDirect(MysqlIO.java:1109)
        at com.mysql.jdbc.Connection.execSQL(Connection.java:2030)
        at com.mysql.jdbc.PreparedStatement.executeQuery(PreparedStatement.java:1563)
        at net.sf.hibernate.impl.BatcherImpl.getResultSet(BatcherImpl.java:87)
        at net.sf.hibernate.loader.Loader.getResultSet(Loader.java:800)
        at net.sf.hibernate.hql.QueryTranslator.iterate(QueryTranslator.java:848)
        at net.sf.hibernate.impl.SessionImpl.iterate(SessionImpl.java:1601)
        at net.sf.hibernate.impl.QueryImpl.iterate(QueryImpl.java:27)
省略...........



后来发现，原来是长时间不用这个连接后，JDBC会自动将连接释放，然后就无法连接上，只有重新启动tomcat方可解决，查找资料后，发现如下方法可以解决此问题。


使用hibernate：
<property name="connection.autoReconnect">true</property>　　<!--这个是最主要的-->
<property name="connection.autoReconnectForPools">true</property>
<property name="connection.is-connection-validation-required">true</property>
加入以上property，可解决此问题，如果未使用hibernate等持久化管理框架，可在mysql的url中加入autoReconnect=true，这样就可以解决。



mysql的站点上说是JDBC3.1.0-alpha及以前版本会出现此问题，推荐下载新的JDBC驱动，无所谓了，只要能解决问题，我也懒的换，至少现在运行了1天还未出现以前的错误，应该是算解决了，呵呵，等待更长时间的测试。